未来，人类把住所迁移到了月球。 让居住在月球殖民地的人们为之疯狂的是“克罗诺斯公司”出品的大型娱乐生存游戏“逃走中”。 那些完成严酷任务，成功从追踪机器人——猎人手中逃脱的人，将获得高额奖金和超高人气，成为少年们憧憬的存在。 拥有超强身体能力的托姆拉飒也，命运般踏入“逃走中”世界。 被转移到前所未有的宏大舞台的飒也，一边面对来袭“猎人”的威胁和种种考验，一边与怪人聚集的逃跑者们一起，以逃脱为目标开始“认真”逃跑！
十年，最后的最后
某天突然出现了一个神奇的按钮。按下按钮后，就转移到了另外一个异世界！！ 从其他世界转移而来的角色们在那里大集合……！？
有着非凡的姿容，和卓越战斗力的少年·亚修。统领街头暴力团的他听到了，被手下所杀的男人在临死之际说出的“BANANA FISH”的神秘话语。与此同时，他与作为摄影师的助手来取材的日本少年·奥村英二相遇。两人决定一同追寻“BANANA FISH”之谜——
幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。 在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。 这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。 某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍， 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情， 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而，这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语，自此开始——。
东北地方的某处深山，初中生小町在供奉熊的神社担当巫女的工作。某天，小町对身为监护人（人？）的熊·夏说“想要去都市的学校”。爱操心的夏，给干劲十足却缺乏毅力、不谙世事的小町准备了在都市生活所必要的试炼，但……。
俺が必ず、お前を救ってみせる。 魔女教大罪司教「怠惰」担当ペテルギウス・ロマネコンティを打倒し、エミリアとの再開を果たしたナツキ・スバル。 辛い決別を乗り越え、ようやく和解した二人だったが、それは新たな波乱の幕開けだった。 想像を超える絶体絶命の危機、そして襲い来る無慈悲な現実。 少年は再び過酷な運命に立ち向かう。
