15世纪的欧洲某国。在跳级中被允许进入大学的神童拉法尔。他回应了周围的期待，宣布将专攻当时最重要的神学。但是，从以前开始就热心投入的对天文的热情一直没有被抛弃。 有一天，他遇到了一位名叫休伯特的神秘学者。因为触犯了基于异端思想的禁忌而受到拷问，被关进监狱的休伯特。 他研究的是关于宇宙的冲击性的“某个假说”——。
一早就前来诱惑的朱乃、急速接近的小猫、以及越来越积极的爱莎，莉雅丝对3人燃起了对抗心。处在过激争夺战中心的一诚，尽情享受着幸福的色情生活。 在享受平稳日常的另一方面，超自然研究部成员也逐步准备着与巴力家的排名游戏，以及一诚等人的修学旅行。 修学旅行的目的地，是存在着不同神话体系的京都。一诚等人对观光充满期待，但他们刚一到达就被卷入了祸之团一派与栖息于古都的妖怪们之间的纠纷。一诚为了守护莉雅丝所爱的京都，而摸索新的“可能性”……。
時は西暦1333年、武士による日本統治の礎を築いた鎌倉幕府は、 信頼していた幕臣・足利高氏の謀反によって滅亡する。 全てを失い、絶望の淵へと叩き落とされた幕府の正統後継者・北条時行は、 神を名乗る神官・諏訪頼重の手引きで燃え落ちる鎌倉を脱出するのだった…。 逃げ落ちてたどり着いた諏訪の地で、 信頼できる仲間と出会い、鎌倉奪還の力を蓄えていく時行。 「戦って」「死ぬ」武士の生き様とは反対に 「逃げて」「生きる」ことで乗り越えていく。 英雄ひしめく乱世で繰り広げられる、 時行の天下を取り戻す鬼ごっこの行方は―――。
