神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
林萧穿越后成了青岚宗的反派大师兄！只要按照原著剧情走，当个恶心人的反派，便能成仙飞升！无奈之下，只能没事戏弄下四师妹，偷一手三师妹的衣物，往二师妹水里下点猛药，兢兢业业履行反派职责。终于熬到男主叶辰拜入师门这天！林萧兴奋不已，准备毒害男主，他将会被几位师妹抓住，被男主飞龙骑脸！
仙乐国太子谢怜接连被贬后第三次飞升成仙，却不慎破坏了神官们的金殿，无人供奉的他只能下凡除鬼来换取功德作为补偿。在凡间的历练中，谢怜结识了两位来帮助他的小神官，并认识了诡王花城，四人一同解决了一件件诡谲的事件，并逐渐接触到了看似光鲜亮丽的仙界众神官的黯然往事。
超级飞侠们会飞往世界各地不同国家，带领大家领略丰富多彩的地理风光、文化风俗、音乐、美食、动物、游戏等，每次的任务都是一次刺激的、有趣的学习多元文化的旅程。
九千年前，仙武帝尊率领百万神将打入太古洪荒，却无一人归来，只有一缕真火遗留世间。九千年后，门派废徒叶辰，被赶出宗门，无以为家，机缘巧合之下偶得真火，再踏仙武之路。这是一个神魔仙佛并立的世界，这是一个诸天万域混乱的年代，叶辰的逆天征途，由此开始。
