公元2030的世界，改造人、生化人、机器人等等的存在已经非常普及。主人公草薙素子正是人类最高科技的结晶：只有大脑是人脑，其余身体部分皆为机械装置，外表看起来则是一名美貌兼干练的年轻女性。在这个高科技的世界里，人类通过更换身体的各个部件而达到长寿已不是新鲜事，更有许多人的大脑也已经电脑化，从而真正实现所谓的“电子化的存在”(并非“信息化的存在”)。从庞大的社会结构直至单独的个人身体，都可方便的通过网络连接，构成了一个无比复杂的信息网络：这就是本作的世界基础。 虽然人类社会的电脑化带来很多方便，但是无论构造成为身体的材料怎样变化，人类毕竟还是拥有人性，因此各种以电脑为契机的犯罪层出不穷。日本的公安九课是一个高出统治阶层的存在，它的职能就是猎捕一切有关于高级电脑类刑事犯罪者。公安九课所面对的罪犯：有时可能是政府中的高官，有时可能是偷换他人大脑的投机分子，更有可能是身边的同伴；每一次的案件，都是对人类存在的再思考，都可能给队内的每一个队员带来沉重的精神压力。

「お前は今日から三か月後、一行瑠璃と恋人同士になる」 京都に暮らす内気な男子高校生・直実の前に、 10年後の未来から来た自分を名乗る青年・ナオミが突然現れる。 ナオミによれば、同級生の瑠璃は直実と結ばれるが、 その後事故によって命を落としてしまうと言う。 「頼む、力を貸してくれ。」 彼女を救う為、 大人になった自分自身を「先生」と呼ぶ、奇妙なバディが誕生する。 しかしその中で直実は、瑠璃に迫る運命、ナオミの真の目的、 そしてこの現実世界に隠された大いなる秘密を知ることになる。 世界がひっくり返る、 新機軸のハイスピードSF青春ラブストーリー。

　　第一部OVA由株式会社亚细亚堂制作，由安浓高志导演，1998年5月及12月以VHS和镭射影碟形式发售。剧情选择性地讲述单行本一至三册，包括阿尔法与菜心的邂逅，以及阿尔法遭到雷击并被医生治愈的事情。后来本OVA又以DVD形式重新推出。 　　在大海已经淹没了大部分陆地的时代，在横滨以西的悬崖的附近人迹稀少的小路旁有一家名叫“COFFEE A”的小咖啡店。店里有一名可爱的女店员，她叫初濑野阿尔法，是这家店主买的A7M2型机器人。阿尔法除了身体是机器成分构成而且不能摄取动物蛋白质以外，其他地方都与年青的人类女孩子没有分别。她可以像人类一样思维和行动，只是有时感觉会比人类更敏锐。 　　几年前因为主人离开了，只留给她一只HKP7M13小手枪和这家用她名字命名的咖啡店。阿尔法很高兴自己是个机器人，因为这样可以一直等主人回来。唯一遗憾的是她和主人一直居住在荒凉的海边，咖啡店几乎没有什么人来，店里的咖啡八成都是被自己喝掉的。 　　不过阿尔法并不在乎这些，只是附近的邻居偶尔光顾已经令她很满足了。在这附近经营加油站结果汽油都快腐烂了还没客人来。大叔一直把阿尔法当成自己的家人一样照顾，大叔的孙子高广像自己的弟弟一样喜欢在店里跑来跑去，最近经常和高广一起来的小姑娘好像也认识那个带梭子鱼、满脸大胡子的文久，时隐时现的小精灵美沙葛也很活泼，也该给武藏野的好朋友菜心写信了…… 　　机器人阿尔法的生命中没有时间，她的生活一样非常平静，只是偶尔去横滨买买东西。

自らが育った５０１機関から独立を果たし軍内部での自由を得た草薙素子。しかし自立を後押しした荒巻の薦めにも関わらず自身の部隊の結成を先送りしていた。 そのさなか、何者かによるロジコマへのハッキングが発生。 調査のためにロジコマを移送する草薙は武装集団に襲撃される。そこには、「眠らない眼」を持つ元陸軍空挺特科第一のバトー、ネットの情報解析を得意とする元陸軍情報部のイシカワ、特殊工作と電子戦のスキルを持つ同じく元陸軍空挺特科第一のボーマがいた。 都市交通網を混乱させてまで執拗に草薙を攻撃する武装集団。対する草薙は陸軍警察の潜入捜査員パズと海兵隊のエース・スナイパーのサイトーをスカウトし反撃に出る。

在地球爆发“纳米危机”大部分生态被摧毁后，98%的人类舍弃肉身，将自己人格数据化迁往部署在地月系L1点的太空站“迪瓦（Deva）”的虚拟数据空间中生活。在2400年一股名为“弗隆提亚·赛格（Frontier Setter）”的力量不断骇入“迪瓦”，并广播寻求自愿参加宇宙移民的成员，“迪瓦”高层认为来源是来自地球地面上，所以派遣特工“安吉拉·巴尔扎克（Angela Balzac）”使用重新生成的肉体素体（Material Body）返回地面。和地面协助人员“丁格（Dingo）”寻找并摧毁其。安吉拉和丁格汇合后，在不断的追寻中发现该力量并非原先所想的简单，并且也改变了对自己所处的世界和地面人的世界的态度……

这个世界距离我们并不遥远，你把它看作是现代社会的镜子亦为不可。 也许：无论人类怎样发展，人性是不会改变的，即使容纳这渺小人性的外壳换作了机器身体亦是一样。 无论怎样，在一个充斥着改装身体的社会里，人类的欲望得以被延续且发扬光大，由此相关的犯罪也应运而生。 由荒卷所领导的特务组织：公安9课，其实就可以算是日本社会的清洁剂。