现在，全世界所有人都在使用的智能手机App。
　　那里潜藏着无人知晓的存在·Applimonster，通称“Appmon”。
　　Appmon是具备能够自主思考行动的人工智能的App生命体，
　　在人类世界与数码空间的间隙中，为系统及人类发挥着机能。
　　但，潜藏在网络之海中的“凶恶的最终BOSS人工智能·利维坦”
　　化作病毒控制了Appmon们，并开始黑入各个系统，
　　企图从网络一侧控制人类的世界。
　　主人公少年·新海春，
　　获得了被伟大的意志引导的“App驱动”，
　　并使来自“App芯片”的搜索App·GATCHIMON实体化了。
　　隐藏在“App驱动”中的谜团，
　　处在Appmon所潜藏的网络世界与现实世界之间的不可思议的“场”，
　　以及2只Appmon进化的“App合体”到底是什么？“利维坦”真正的目标究竟是……！？
　　爱好读书的少年春，与搜索App的怪兽·GATCHIMON这一对凸凹组合，
　　奔驰于现代世界的新感觉搭档物语，
　　现在启动！

　　吹奏乐竞赛京都府大赛。 在那里漂亮地取得金奖的北宇治高中吹奏乐部， 向着下一个舞台·强豪云集的关西大赛发起挑战……！

　　After the Dawn Rebellion, Char travels to Earth and meets a girl with mysterious powers named Lalah Sune.
　　Meanwhile, Amuro's father Tem Ray is working on the RX-78 development project. Learning of the defection of Doctor Minovsky, a key figure in Zeon mobile suit development, he heads for the moon. History's first battle between mobile suits unfolds in the twilight zone of the lunar surface.
　　Then comes Universal Century 0079. Side 3, the space city furthest from the Earth, launches a war of independence against the Earth Federation government under the name of the Principality of Zeon.
　　An era of violent upheaval begins, in which half of the total human population will be killed...

　　宇宙世纪0068年，居住在SIDE3的慕佐自治共和国议长发表完《完全独立宣言》后意外身亡，由此引发了连番的动乱，许多人的命运也就此发生根本转变。转眼来到宇宙世纪0074年，爱德华·玛斯（池田秀一 配音）以夏亚·阿兹纳布的身份进入吉恩自治共和国国防军官学校学习。在那里，他与来自SIDE3的名门子弟格尔玛（柿原彻也 饰）互相赏识，成为模拟好友。
　　宇宙世纪0077年，学生们揭竿而起，发起了针对地球联邦军的武装起义。对夏亚来说，他的复仇也由此拉开序幕……