神山高志（樱井孝宏 配音）是一个看上去非常平凡的普通青年，却在误打误撞之中进入了克罗马帝高校就读。克罗马帝高校在当地臭名昭著，号称是坏人的巢穴，犯罪分子的摇篮，在这里，手无寸铁身形瘦弱的神山会遭遇怎样的经历呢？ 表面看似是超级凶狠的不良少年，其实却意外的有家教的林田慎二郎（铃木琢磨 配音）、拥有高强战力，却无法阻止同学们到自己家里聚会的前田彰（稻田彻 配音）、无论以哪种方式看都是机器人，但却并不知道自己是机器人的机械泽新一（若本规夫 配音）、克罗马帝高校的王竹之内丰（内藤玲 配音），很快，神山就结识了一帮志同道合的“朋友”。
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
本剧以镰池和马所著的轻小说《魔法禁书目录》中的人气角色御坂美琴为主角的外传漫画《科学超电磁炮》改编。 故事发生在面积占据东京都西部的三分之一，居住着230万名人口，其中八成人口是学生的巨大都市“学园都市”。学园都市和外部隔离，研究最尖端科技。所有学生都接受超能力开发，并大都借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。有各种类型不同能力，以范围和威力分为无能力者（Level 0）、低能力者（Level 1）、异能力者（Level 2）、强能力者（Level 3）、大能力者（Level 4）和超能力者（Level5）。故事从学园都市最强的电击公主“超电磁炮”御坂美琴，某天认识了和黑子一样担任风纪委员的初春饰利开始......
故事发生在近未来的日本，反对日本现今体制的人们纷纷在东京的临海区域定居，并将他们居住的地方命名为东京桃源乡，建智铁也也是其中之一。巨大的怪物突然出现在了东京湾，那是被称为城护众的组织用神秘的秘术所制作出来的妖怪——雷兽。为此，作为维护世界和平的组织ASY特别派出了人型兵器——钢仙迎战。激战之后，钢仙成功击败了雷兽，可是却将避难的船只卷入战场。此时，一位浮在空中的少女出现在了众人眼前，并对钢仙展开了攻击。经过一番搏斗，少女神秘消失，与此同时，铁也邂逅了另一名神秘少女。少女自称楼兰，是乘坐小木船漂流而来，并对自己的过去一无所知……
