“这里……是哪儿……” 察觉到的时候，桐人不知为什么陷入了庞大的幻想风格虚拟世界。登录前的记忆模糊不清，只得在周围徘徊寻找线索。 之后，来到漆黑的巨树“基家斯西达”旁边的他，同一名少年相遇了。“我的名字是尤吉欧。请多关照，桐人君。”少年是在虚拟世界的居民――即“NPC”，但是却如同人类一样拥有“丰富感情”。 在和尤吉欧加深交往的同时，桐人也在摸索着登出这个世界的方法。在桐人的脑海中，某一个记忆苏醒了。那是幼年时的桐人和尤吉欧在山野奔跑的记忆――原本，不可能存在的记忆。而在那个回忆中，除了尤吉欧还有一个金发少女的身影。她的名字，是爱丽丝。绝对不应该忘记的、重要的名字。
ドラッケンが率いる火・風・水・土を操る4人の特殊部隊「エレメント４」がシキたちの前に立ちはだかり、ワイズやホムラが苦戦している様子が見て取れる。加えて、強者のオーラが溢れ出るドラッケンの「お前の冒険はここまでだ」のセリフの後に、力尽きたようなシキの姿が映し出されるなど、第1期からさらに激しさを増した戦いが第2期では繰り広げられているのは間違いない。シキ達の冒険は終わってしまうのか…‼
四谷友助（上村祐翔 配音）是一名中学三年级的男生，在班上友助属于默默无闻的那类学生，他既不喜欢结交朋友，在课业上也平平无奇，总是独来独往。一天放学后，友助在意外中穿越到了异世界，让友助震惊的是，他在这里竟然遇见了同班同学新堂衣宇（久保田梨沙 配音）和箱崎红末（和气杏未 配音），她们一个是班级里人气极高的美少女，另一个则体弱多病，总是在病假中。然而，在这个世界里，他们三人是并肩作战的伙伴。 这并不是一个和平的世界，友助一行人要对抗的，是比他们强大的多的敌人，为了获得胜利保住性命，一切都有被利用的价值，甚至是同伴们的生命，亦可拿来作为与对手博弈的棋子。
由于童年的悲惨遭遇，直枝理树（堀江由衣 配音）的个性变得十分孤僻。长着一张娃娃脸，沉默寡言，没有朋友，这样的理树成为了大家眼里的怪胎。某一日，性格傲娇爱猫如命的枣铃（民安智惠 配音），正直开朗稳重可靠的枣恭介（绿川光 配音），四肢发达头脑简单的井之原真人（神奈延年 配音），成熟勇敢剑术一流的宫泽谦吾（织田优成 配音）四人出现在了绝望的理树面前。他们自称“Little Busters”，想要利用理树的力量来完成拯救世界的重任。 就这样，理树成为了LB中的一份子，整日奔波解决一些说来宏大但其实十分平凡的委托。在相处的过程中，本来行为举止十分怪异的同伴们渐渐的变得可爱起来，理树也逐渐敞开了紧闭的心门，找回了久违的快乐。他开始明白，只要有一颗开朗向上的心，这样的生活一定能够继续下去直到永远。
【内容介绍】 0088年6月6日，新吉恩军向地球空降先遣部队，经两个月时间的活动，于8月1日正式开始对地球进攻。8月29日，新吉恩占领达卡尔，并将大量旧公国军及提坦斯残党收编。此后一发不可收拾，10月31日，新吉恩实施卫星坠落战术，终于迫使联邦于11月24日同意将殖民卫星群SIDE3让给新吉恩，以此作为吉恩从地球撤兵的条件。然而，哈曼的文治武略无法令所有追随者认同。新吉恩旗下的年轻军官格雷米，在独自振兴吉恩信念驱使下于圣诞节反叛哈曼，率部从阿克西斯独立出来。在这一系列重大变动造成的复杂局面中，代表联邦而战的军事组织奥古，在以布莱德为首的领导层指挥下，持续着艰苦卓绝的斗争。成为这一时期奥古主力的战士，是以名叫捷多·亚西塔的少年为首的一群来自殖民卫星的孩子，而捷多的座机，正是当年阿纳海姆社以卡繆为中心所进行开发的Z计划最后的作品枣可变型机动战士MSZ-010高达ZZ，捷多的恋人露·鲁卡则搭乘Z高达，其余同伴亦分别乘坐高达MK Ⅱ等机种。 与阿姆罗、卡繆一样，捷多也是一样强大的NEW TYPE，然而似乎也正因如此，同样难逃悲剧性事件的围绕：在战场上接触到的新吉恩NEW TYPE少女璞露，以及璞露的克隆体璞露2（读作璞露茨），与捷多产生共鸣并消除敌意，但却又随之先后为保护捷多而丧生…… 在露的鼓励下，捷多终于从沮丧中摆脱出来，同时，露亦创下击毙新吉恩叛军首领格雷米的战绩。终于，在0089年1月17日，以奥古为核心的联邦军，向阿克西斯发动了最后的进攻。战斗如火如荼地展开了，为各自所相信的理想、信念而争个不休，同时进行着对决的捷多与哈曼，在一轮恶斗后，以哈曼·卡恩之死迎来了这场动乱的结束。随着和平的曙光再次降临，捷多与露一起踏上了前往木星的旅途。对他们而言，出生入死的人生经历已经结束，新的生活正在前方招手。然而对于宇宙间多数平民百姓，真正的和平什么时候才能到来呢？
漫画《中之人基因组【实况中】》宣布了动画化企划进行中的消息，引起轰动的原因不明的连续少年少女失踪事件。《中之人基因组》，在游戏实况者之间成为话题的神秘免费游戏。通称，失踪游戏。据称，在即将通关之际就消失的玩家源源不断。失踪的游戏实况者们被人为地与外界隔离，集合到某座岛上。在那里，他们所接受的命令，是通过必须在现实中通关的各种游戏，来达成一亿的播放数。8名人气实况者所带来的，以能否回归为赌注的真实游戏《中之人基因组》的实况开始了——
