自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
因偶然事件为契机与世界第一的英雄欧尔麦特相遇的“无个性”少年绿谷出久，身体内继承了欧尔麦特的个性，具有了成为英雄的资质。在经过严厉的训练后，绿谷出久成功进入了雄英高中入学，在与爆豪胜己、丽日御茶子等英雄科1年A班的同学们一起在互相切磋和学习中度过每一天。在这种情况下，全国瞩目的活动“雄英高中体育祭”来临了。目指第一的爆豪胜己，因为家族原因具有强烈意志的饭田天哉，为了否定父亲而渴求胜利的轰焦冻，以及英雄科1年B班的成员...。雄英高中所有同学都气志高涨，绿谷出久也重新下定了决心。“我也会全力去比赛的！“ 以最顶级的英雄为目标的学生们，“个性”、力量和自尊的战斗拉开了序幕！！
剧情承接上一季，安兹以耶·兰提尔为根据地建立了“安兹·乌尔·恭魔导国”，但却使安兹陷入了烦恼的境地。他作为一个国家的国王，该如何引导这个国家呢？ 在雅儿贝德、迪米乌哥斯等优秀的NPC们不眠不休地工作下，魔导国现在成了一个安全且没有饥饿的地方。但是，在那里生活的人们至今仍抱有恐惧和不安，街道像火熄灭了一样安静，失去了曾经的活力。在找不到答案的情况下，安兹一个人访问了冒险者工会，并向工会主席艾因扎克提出一个建议……
本该是高中女生的「我」居然在不知不觉间来到未知之地，还转生成「蜘蛛」怪物了！？虽然我成功逃离喜欢同类相食的蜘蛛父母，却不小心闯进怪物们的巢穴。在这个毒蛙、大蛇、巨猿还有龙四处横行的可怕迷宫里，只是一只小蜘蛛的「我」有办法存活吗……真是……开玩笑也该有个限度吧！造成这种状况的元凶快给我出来──！在各方网友的热烈声援之下，蜘蛛子的生存战略正式展开！
以「魔女」备受景仰的城市为舞台。背负着棺材的男人与双眼有如野兽的少女在此现身，他们追寻的猎物唯有「魔女」而已。 当邪恶的「魔女」碰上飢饿的「野兽」，华丽又激烈的战斗就此揭开序幕！
