位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。 高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。 而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。 如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。 他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。 科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！
平凡的宅男高中生·矢野宗平，某日他的面前突然出现了一位开着坦克并自称为了守护鲁特中尉和哈鲁卡少尉的少女。极大程度欠缺一般常识的军人少女与被卷入这个事件的普通人宗平，描绘日常与军事要素的日常生活。
27歳、過労死――。 こんな死に方は嫌だと思った矢先、神様が目の前に現れた。 「異世界に転生して、人類が存続するべきか どうか見極めて欲しい。 代わりに特別な力をあげよう」 それを聞いた主人公・みどりは、過酷な暮らしに疲れた心を癒やすため、思わずこう願ったのだった。 「もふもふ……もふもふ！ したい！！ この疲れた心を癒してくれるのは、可愛い動物のもふもふしかないの……！」 そんなこんなでみどりは異世界へ転生して、幼女・ネフェルティマとなる。ネマは《人間以外の生物から好かれる力》を授かっていた。動物はもちろん、白虎やドラゴンなどの聖獣、はてはゴブリンやフローズンスパイダーなどの魔物までもが、どうしてか彼女を好きになってしまうのだ！ しかしそんな彼女にも過酷な運命が 待ち受けており――。 人間と生き物たちとの共存を目指してがんばるぞ！ ネマのもふもふなでなでライフ、始まります♪
