机动战士高达SEED的系列作再开。这次除了我们大家熟悉的基拉（保志总一朗 配音）、阿斯兰（石田彰 配音）等人外，还有大量新角色的登场。而故事也将演变的更为复杂，冲突加剧，战争升级。 C.E.70年2月，“血染情人节”事件的辐射效应还在地球联合军和ZAFT中延续着。二者发动了数次对抗，伤及众多无辜百姓。C.E.71年6月，地球联合军居然不顾条约发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。这让少年真飞鸟（铃村健一 配音）在一瞬间失去了自己全部的亲人，而且都是在自己眼前。这件事对飞鸟的打击不小，让他这个无忧无虑的平凡少年，决定加入ZAFT。加入ZAFT，飞鸟遇到了许多挫折和坎坷，也看到了人性的残忍和无奈，最严峻的情况是自己内心始终笼罩着家人离去的阴影。飞鸟的成长在ZAFT正式开始。他和基拉、阿斯兰他们又会有怎样的交集呢？
描述一位名叫小夜的少女与称为翼手的生物之间的战斗。 1966年，秋天。时值越战时期，在日本国内的美国空军横田基地内，不时可见F4幻影战斗机频繁起降，空气中充斥着一股杀戮的气氛；就在此时，基地附近的市区连续发生了离奇的命案。地下铁，银座线，正驶著通往浅草的最后一班列车，一名少女出现在空荡的车厢内，她拥有令大人感到刺眼的眼神，紧闭着双唇欲诉说她内心的真正意念，她的名字叫小夜(SAYA)；她是“组织”(名词)为了打倒潜伏于人类社会里的吸血鬼“翼手”，因而派遣至人类社会的救世主。穿着水手服的小夜，手持日本武士刀作为武器，潜入了基地内的美国学校...
因双亲要在海外出差，所以一人留在日本的主人公以一年为期限住在了舅父的家里。之后转校到八十神高中的他得知一个深夜电视的传言在雨夜的十二时，只要看着关闭着的电视屏上自己的脸，就会浮现出另一个人的映像。主人公与同伴为了确认这一传言是否属实，不料被拉进了异空间，在那里被称为暗影的怪物袭击，与怪物接触时主角一行人的Persona能力觉醒。为了掘开深夜电视与连续杀人事件之间的关系，以及避免其他人被卷入该事件，他们组成了特别搜查队展开了战斗。
怪異の専門家・忍野メメの助力も得て、3人の強敵との戦いに勝ち抜いた阿良々木暦。吸血鬼キスショットの四肢を奪い返すことに成功し、再びキスショットの元を訪れるが、そこで暦は吸血鬼の恐るべき本質を知る。暦は取り返しのつかない自分の行為を悔やみ……『魔法少女まどか☆マギカ』の新房昭之総監督と、アニメーション制作会社・シャフトのタッグで、西尾維新の原作小説をアニメ映画化。『I鉄血篇』『II熱血篇』に続き、第3弾となる本作でついに物語は完結する。人間の体に戻るため3人の強敵と戦ってきた主人公・阿良々木暦に待ち受ける残酷な運命とは？ 声の出演は神谷浩史、坂本真綾ら。
