本作主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是个患有严重中二病的大学生，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。 2010年7月28日这天，冈部和青梅竹马真由理（花泽香菜 配音）一同去了科学讲义会场，在那里，他们遇见了天才少女牧濑红莉栖（今井麻美 配音）。让人意想不到的事情发生了，冈部在会馆楼道内听到一声惨叫，他闻声而至，发现了倒在血泊中的牧濑。冈部用手机短信将这件事告诉好友桥田至，这个举动，让世界都颠覆了。实验室里那个所谓的“未来道具”，竟然真的可以左右世界的进程，冈部自此成了孤独的观测者。 这一切都是命运石之门的选择。
在盖亚塔等待伊月和斯巴鲁的是自称数据生命体的埃尔德。 使盖娅塔无力化的方法有两种。 一个是埃尔德自己促使塔倒塌。 还有一点……战胜了与埃尔德的战斗。 为了拯救世界，两人怀着强烈的觉悟挑战战斗，但与埃尔德的战斗很不寻常，被迫进行苦战。 最重要的是，埃尔德显示了强大无比的王牌的存在。 埃尔德说话。 “因为这个随从，不过是通往绝杰的路”……
