《东京食尸鬼第三季》混杂于群众之中，以人类的肉为食。拥有人类的形态，却与人类不同的存在……“喰种”。对“喰种”进行驱逐、研究的CCG，为了达成某个命题，而新设了实验体集团。 ——其名为“Quinx”。并非“正经人类”的他们，与佐佐木琲世一等搜查官一起在“东京”面对的事物究竟是——！？
高中生夏目貴志有靈異體質，能看見別人所看不到的。當他得到祖母玲子的遺物「友人帳」之後，不論白天或晚上，開始有各式各樣的妖怪紛紛找上門！ 原來玲子也和貴志一樣有靈異體質，大家都對她敬而遠之。玲子因為十分寂寞，便到處向妖怪下戰書，並要戰敗的妖怪交出名字，訂立服從的契約。而貴志拿到的，正是這本寫有眾多妖怪名字，能夠號令百妖，力量引人覬覦的「友人帳」！ 貴志在得知事情原委之後，決心要將「友人帳」上的名字一一還給被玲子擊敗的妖怪。而想要不費吹灰之力拿到友人帳的妖怪「貓咪老師」，則自願當保鑣，保護貴志和「友人帳」，共同踏上妖怪之旅！
主角小林哲平是平凡的日本男學生。某天，他跟雙親一起出去旅行，但是雙親在回去的路上死於交通事故。其後哲平被自己的外祖父收養了。 外祖父有馬一心是日本著名企業集團的總裁。為了成為他的繼承人，哲平轉學到名字叫秀峰學園的名門私立學校。 哲平在秀峰學園遇見了一位名叫夏洛特·黑澤爾林克的少女。她是在日本留學的異國公主。
以军火商人的独特视角描述了一名少年佣兵在一名年轻女性所领导的军火贩卖集团中的日常生活、和他的所见所闻。 另外，展现了许多真实存在的武器资料，有时会加入现实世界的国际关系，是它的特色之一。
在第一年的高中联赛，小野田坂道成功地引领总北高校获得综合冠军。他和今泉还有鸣子一同升到二年级，和队长手岛带领的新团队一起准备拿下二连胜！之后夏天的高中联赛终于到来，王者箱根学园誓要雪耻，以新队长泉田为核心不断取得佳绩，一路高奏凯歌。面对重振王者之风的箱根学园，总北再次成为挑战者，陷入了苦战。就这样，比赛的最后一天终于到来了。拿下第二天的京都伏见学园的御堂筋又拿出了新的策略……各个队伍的斗志熊熊燃烧，坂道是否能坚信自己和队友们的纽带，拿下光荣的终点呢？
