《坂本日常》再度登场，迎来新战斗、新危机，还有更多的肉包。
数千年后的未来，进入宇宙空间的人类， 被分为银河帝国与自由行星同盟这两个 拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。 两国之间的抗争持续了150年， 以无边无际的广袤银河为舞台， 重复着无止境的战斗。 银河帝国的门阀贵族社会的腐败， 以及自由行星同盟可称为民主主义的弊端的群愚政治 侵蚀着两个国家。 之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。 “常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆， 以及人称“不败的魔术师”的杨威利。 两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。
为了寻找外公乔瑟夫的私生子，空条承太郎（小野大辅 配音）来到了杜王町，名为东方仗助（小野友树 配音）的高中一年级男生正是空条承太郎要寻找的人，让承太郎没有想到的是，东方仗助拥有着和自己一样的“替身”能力。 身材矮小但拥有强大意志力的广濑康一（梶裕贵 配音），大脑一根筋但对待朋友忠诚不二的虹村亿泰（高木涉 配音），自大而又偏执的人气漫画家岸边露伴（樱井孝宏 配音），围绕在东方仗助身边的，是这些有趣而又强大的朋友和队友们，与此同时，越来越多的替身使者亦接连浮出水面。当罪恶的魔爪伸向杜王町之时，东方仗助愿意以自己的生命为代价，保护这片他热爱的土地。
在公元2015年，一个魔术尚存的最后时代之中。人理继续保障机关「Chaldea」，透过近未来观测镜「Sheba」突然发现人类即将在接下来的2016年中毁灭。为了针对异象及时空特异典进行解析及干涉，他们利用被统称为「Grand Order」的禁忌仪式，将术师灵子化之后送回过去，只为阻止人类历史就此中断。 被扭曲的冬木圣杯战争，Saber（阿尔托利亚·潘德拉贡）黑化并杀掉Caster以外的所有从者顺道灭了整个冬木后在大空洞等待Caster的来临。这次战争的Caster为库·丘林，他个人表示如果职阶是Lancer就能秒杀黑Saber，因为主角，玛修和奥尔嘉玛丽的介入，成功停止了这场疯狂的圣杯战争，但Saber和Caster双双消失意味着这场战争没有人获得圣杯。关卡最后消灭了奥尔嘉玛丽灵魂的雷夫加上这次战争的Saber也认识Grand Order，到底是…？
