特搜队“UPG”，地底居民维克特利人、切布尔星人艾克塞拉和他的手下智能机器人-10，并且银河斯特利姆形态都将登场。前作《银河奥特曼》的两年后的世界为舞台的本作，根据新的超常现象，为准备应对危机而新设立的特搜队——UPG（全称：Ultra Party Guardians）。守护者神秘的能量水晶体“维克特利水晶”的地底居民“维克特利人”，谋划夺取“维克特利水晶”的宇宙人——切布尔星人艾克塞拉以及他的手下组成的安卓机器人-10和怪兽们、以及新的奥特曼“维克特利·奥特曼”的加入、从泰罗·奥特曼中获得新力量并升级的“银河斯特利姆形态”的登场。将前作规模升级，是一部全面展开冒险的特摄片。
“為せ 汝の欲することを” かつて世界を救った英雄達がいた。 数多の英雄達は〈破壊〉の力と戦い、 この世界を守ったのだ。 そして、時は流れ―― 英雄たちは歴史の彼方へと去り、 彼らの力を身に纏い戦う〈継承者〉と呼ばれる 少年少女達に世界の運命は託されることとなった。 〈継承者〉の頂点に立つ〈セブンナイツ〉の一人、 少女ファリアは押し寄せる〈破壊〉の軍勢との戦いの中、 ネモと名乗る一人の少年を救う。 激戦の中、 ネモは自らも知らぬままに〈英雄〉の力を喚起し、 〈継承者〉としての力を振るう。 だが、彼の〈英雄〉は 誰も知らぬ、誰も語らぬ者だった。 そしてこの時より始まるのだ。 過去と現在の交錯する魂の旅路が――
真選組魔鬼副長——土方十四郎的身邊來了一個名叫佐佐木鐵之助的二打六。 這位鐵之助雖然來自幕府中菁英輩出的名門——佐佐木家，卻是個眾人束手無策的問題兒童，被各署踢嫌棄，最後被送來了真選組。 面對態度輕浮的鐵之助，土方雖然感到煩躁，卻還是努力保持理智，一直照顧他。就在某一天，遇見了在警察當中算是集結了眾多菁英的組織「見迴組」的局長——佐佐木異三郎。異三郎是鐵之助同父異母的哥哥，卻藐視鐵之助，叫他「不成材」或「二房之子」。 土方聽了動怒，直接挑釁異三郎。 因為他將找不到容身之處的鐵之助，與曾經是無可救藥的自己重疊在一起。 鐵之助得知了土方的過去，洗心革面，下定決心要以土方為目標，變得更強。 土方託付他幫忙寄送重要的信件，鐵之助全力要完成任務，卻在路途上被激進攘夷集團——知惠空黨綁架了。 他們的目的是抓走與警察有關係的鐵之助，當作人質，一口氣擊垮真選組與見迴組。 然而見迴組毫不理會人質，擊潰知惠空黨，甚至還企圖將責任全推到託付了鐵之助的真選組。 知道他是為了將知惠空黨一網打盡，將自己的弟弟當作道具利用，使土方激動不已… 真選組與見迴組即將爆發全面戰爭！！
