讲述少年少女驾驶「有人驾驶的无人机」于「不存在的第86区」奋战，少年「辛」，与透过特殊通信指挥作战的指挥管制官少女「蕾娜」壮烈而悲伤的战斗与离别的故事。
真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
主要剧情围绕着基甸的慢生活，基甸在边境城市隐姓埋名开了一家药店，遇到了曾经帮助过的亡国王女，现在已经是冒险者英雄莉特，两个人抛开了其它牵挂在这里隐居。基甸每天负责做药和外出采药，而莉特则会帮忙看店以及偶尔出去一起采药，有着过人实力的他们想在这个小城轻松的生活并不是什么难事。
