全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
平凡的女高中生神无希（Lynn 配音）出生在贫困的家庭之中，为了能够赚钱补贴家用，身为体操运动员的她决定参加一项名为“竞女”的比赛，女孩子们身着泳装，搭载着漂浮在水面上的泡沫板，以自己的身体为武器，依靠撞击或推搡来使对手跌落水中，获胜的选手将获得巨额奖金。 竞女的世界里充满了激烈的竞争。冷静成熟的宫田纱耶香（市道真央 配音）、内向腼腆的青叶风音（本渡枫 配音）、活泼开朗的丰口乃音（大西沙织 配音），神无希和这些个性迥异但善良可爱的女孩子们在一起生活学习，彼此之间即为同伴亦是对手。在清澈的水面之上，充满了热血和激情的青春之曲正在奏响。
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……。
故事发生在大陆历一六零四年，持续了三个世纪的漫长战争终于画上了终点，整片菲尔毕斯特大陆哀鸿遍野，满目疮痍。托鲁（间岛淳司 配音）和阿卡丽（原优子 配音）虽然没有血缘关系，却结为了义兄妹，两人相互扶持经历了残酷的战争，彼此之间结下了深深的羁绊。 战后经济十分萧条，而托鲁又是一副得过且过大大咧咧的懒惰性格，虽然阿卡丽一直在艰难的维持家中的生计，但生活却并没有什么改善。终于，断粮的危机降临了，无奈之下，托鲁进入了森林想要找点吃的，然而，在那里，等待着他的却是一位名为嘉依卡（安济知佳 配音）的神秘银发少女，在他们相遇的那一刻，命运的齿轮开始了它的运转。
“夜はまだ終わらない” 吸血鬼になることへの戸惑いを乗り越え、ナズナを“好き”になることを決めたコウと、コウに“惚れさせる”決意をしたナズナ。 「恋」が一体なんなのか、わからないまま二人の夜は加速していく。 吸血鬼を殺そうと企む探偵・鶯 餡子の手が、すぐそこまで迫る。吸血鬼の弱点は「人間時代に思い入れの強かったもの」。その弱点を予め処分しようとするが、ナズナには人間時代の記憶が一切ない。ナズナの隠された過去とは？なぜ餡子は吸血鬼を殺すようになったのか？そして、ナズナと餡子に交錯する“秘密”とは――？ コウ、ナズナ、餡子……楽しい「よふかし」では終わらない、新たな“夜”がはじまる！
