《金田一少年事件簿R第二季》讲述名侦探金田一耕助的孙子金田一一和青梅竹马的好友七濑美雪等人解决一个个疑案的故事。金田一少年事件簿R改编自天树征丸原作，漫画家佐藤文也作画的著名长篇推理漫画「金田一少年事件簿」。
主角秦尘本是武域中最顶尖的天才强者，却遭歹人暗算，陨落大陆禁地死亡峡谷。必死无疑的秦尘，却意外触发神秘古剑的力量……三百年后，天武大陆偏僻之地，一位同名少年意外继承了秦尘的意志。作为大齐国军神定武王的爱孙，却因生父来历成迷，母子二人在定武王府中受尽冷遇，相依为命。为了重写望日的强者神话，也为了守护自己所爱的一切，秦尘毅然决然扛起维护天下五国的大任，再度踏上武道之路。
主角苏奕前世是独尊大荒的玄钧剑主，为追求无上剑道，选择转世重修，不曾想，在转世后，他最信任的大弟子勾结外敌，最宠溺的小徒弟为了得到九狱剑，也选择了背叛…… 转世后，苏奕的新身份是世俗国度大周玉京城苏氏的庶子，自幼备受冷落，怀疑母亲叶雨妃之死，和生父苏弘礼有关，为查明真相，毅然在十四岁那年离家出走，前往青河剑府修行。 不曾想，三年后，在苏奕即将成为青河剑府内门弟子时，忽然在一夜之间失去修为，沦为废人，就此成为青河剑府弃徒。 跌入低谷的苏奕，被迫接受苏家力量的安排，成了偏远小城三大宗族之一文家的上门女婿。 其妻
秦牧天生凡体，历经考验成为天魔教教主，被延康国封为第一任太学博士。延康国叛乱之战中秦牧引来魔神，掀起浩荡风云，后随武可汗入楼兰黄金宫，一个人打遍圣宫无敌手。他返回延康,助国师平叛、造射日神炮，后得人皇传承成为新一代人皇。机缘巧合下秦牧得知自己的身世,借助道门小玉京等人帮助，开启道法神通改革的大世。
