童年时期的一个盛夏，女孩子面码（茅野爱衣 配音）死于意外。这件突如其来的死亡事件，深深刺痛了她的五个儿时玩伴——仁太、安鸣、雪集、鹤见子以及波波。六人组成的秘密基地“超和平Busters”就此解散，活着的五人带着无法弥补的创伤各自疏远各自长大。十年后，面码居然以一种只有仁太能看见的形式，带着一个想要实现的愿望回来了。 本剧场版从面码已经在五个伙伴的帮助下“成佛”讲起，在面码完成心愿消失一年后，仁太他们五人重聚，各自给面码写信，回忆去年夏天发生在“超和平Busters”六人身上的奇迹。
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
这就是九龙寨城，一个东方妖窟。怀旧的人们生活的反乌托邦，过去、现在和未来在城市景观中交叉。一部理想的爱情浪漫剧，生动地描绘了三十多岁的工作男女所赋予的秘密感情和与日常生活的关系。 名为鲸井令子的地产女职员爱上了同事工藤发，却发现对方在通过自己看“他人”。同时鲸井令子也意外地窥探到九龙的另一面，究竟是真实还是虚幻，唯有深空中母星悄然无声。
在异世界安特·伊苏拉，魔王和勇者之间是敌人。而在现代日本东京，真奥贞夫和游佐惠美依然在汗流浃背的工作，他们与魔王城的各位，还有恋爱的女高中生千穗一起，熟悉日本的生活，在经济巨浪中度过每一天。 有一天，一名神秘的少女出现，魔王城出现大混乱，是来自安特·伊苏拉的来访者。为了养育这个孩子，不工作就不能支撑家庭开支… 一间六张榻榻米的魔王城，一个自由职业魔王展开的平民派幻想，波澜起伏的TV动画第2幕，开始！！
东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。 这日京都古寺山能寺收到奇怪书信，说若能解开信中所附的画谜，便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺，均对画谜一筹莫展。5名被杀者之一曾对与新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也来到京都对案件秘密展开调查，并借机找寻自己的初恋情人。柯南与服部相遇联手调查时，发现有人想置服部于死地，紧接“源氏萤”另一成员被害，而这一切，似乎又都与画谜有关。
