丸尾荣一郎是个认真务实的高中男学生，为解决课堂学习外运动不足的问题，偶然机会下参加了南网球俱乐部（STC）的免费体验活动，并在那里遇到了同校的女学生鹰崎奈津。在与鹰崎谈过并考量自己的兴趣后，决定加入STC，开始他打网球的生涯。 荣一郎把“只要能追上所有的球，并且能控制所有的球，理论上是不会输的。”这句话当信念，朝职网的目标努力中。
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
