成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。
故事的主人公，大山武进入了原本是女校的「天日学园」，在这间女性的花园的学校里，等著大山武的是可靠的青梅竹马兼学生会副会长的女主角天谷春恋、高傲的大小姐姫神木灵及非常可爱的未婚妻栉八稻穗。在天日学园中，除了有其他常规学校的课程外，学生还要学习使用及掌握「元素」，而当中有一部份学生更能够使用拥有不可思议力量的「魔具」……
故事主角之一春音艾菈（另译春音爱良）为了成为一个在Prism Show（一种结合歌舞﹑花式溜冰和绫镜跳跃的新型竞技运动）舞台上表现得光鲜亮丽的“Prism Star（绫镜舞者，即在Prism Show表演的舞者）”，便与她身边的两位主角之一天宫律舞（另译天宫律舞）、高峰美音一同迈向成为演艺圈明日之星的路程。
刚升上高中一年级的浅草绿，是个强调“设定即生命”的动画迷。虽然在素描本上描绘了各种各样的创想，却因独自行动就无法下决心的个性，而迟迟未能开始制作动画。同时，身为人气读者模特儿，被父母期待成为演员的同级生水崎燕，其实志愿成为动画师。拥有制片人气质的金森沙耶加，很快注意到了两位同级生的才能。三人为了展现脑内的“最强世界”，共同创立了映像研……
某一日，世界上突然出现了一个巨大的黑洞，从黑洞里走出的，是各种各样形状可怖个性凶残的魔物。原来，曾经被勇士所封印的魔王如今重获了自由，出于报复的目的开始在人类的世界里作威作福，不仅如此，他还带来了12名强大邪恶的随从。 为了保护自己的子民不受伤害，懦弱的国王下令让勇者的后代们踏上讨伐魔王的旅程，能够消灭恶魔王者，即可获得无尽的财富和无上的荣耀。可是，国王并不知道勇者的子孙们究竟是谁，于是，一只多达75人的勇者军团建立了。作为第45号勇者，原本是个废柴的阿鲁巴（下野紘 配音）莫名其妙的背负起了拯救人类的重担，在好友罗斯（中村悠一 配音）的帮助下，对战斗毫无经验的他能够打倒魔王获得最终的胜利吗？
