位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。 高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。 而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。 如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。 他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。 科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！
岩谷尚文（石川界人 配音）是一个内心里充满了正义感的青年，对世界上发生的很多不公平的事情都深感愤怒。一次偶然中，他被传送到了异世界里，成为了能够使用各种各样不同功能的盾牌的盾之勇者。本以为可以就此展开伸张正义的旅途，哪知道刚刚过去几天，他就经历了战友的背叛，而且丢掉了所有的财物。尚文发誓再也不要信任这个世界里的任何人了。 就在这个节骨眼上，尚文的面前出现了一位名为拉芙塔利亚（濑户麻沙美 配音）的少女，拉芙塔利亚是一名奴隶，尚文决定用金钱来换取忠诚将她买下，在相处的过程中，拉芙塔利亚渐渐爱上了自己的主人。
本作是在教育节目《和姐姐唱歌吧！》中负责唱歌的大姐姐高崎三奈美，和想要成为绘本作家的单身父亲藤本翔二之间的恋爱故事。在一天翔二和女儿在家庭餐厅遇到了喝闷酒的三奈美。在得知了三奈美的寂寞后，翔二开始将她作为异性对待。
