有尾一族想要占领地球，企图统治人类，梦野博士为了阻止其野心，创造出科学战队来拯救人类。
小长井友子是一位普通的高中一年级女生，个性害羞而又沉默寡言的她在学校里无法快速的和同学们打成一片，因此并没有什么朋友。但是回到家中，却有三只个性迥异的可爱猫猫充满热情的迎接着她们的主人。 曼赤肯猫小曼个性活泼开朗，喜欢同人亲近，是三只猫里最外向的一个。小露是俄罗斯蓝猫，略微有些怕生的她对陌生人的到来始终保持警觉，却会在信赖的主人面前露出放松戒备的一面。小新是新加坡猫，个性有些胆小的她是个好哭鬼，却展现出了包容一切的温柔。白鸟杏美是班上人气最高的女生，因为家中也养了一只猫，杏美和友子之间的距离开始慢慢拉近。
故事发生在一年战争期间，正和初代高达的故事平行。到地球战线赴任的年轻联邦军官斯罗·亚玛达，在一次偶然的交火中，结识了敌人、也就是吉恩军的女驾驶员爱娜·萨哈林。这一对互相抱有好意的年轻人，因为正属于敌对的两方，所以不得不互相战斗，在战争中苦苦维持自己的感情；另一方面，斯罗和他所带领的、第08MS小队的队员们，也在不断的战斗中逐步培养起友谊和信赖。
从前有位“光之巨人”，他负责保卫世界和平，对抗巨型怪物和外星人入侵的威胁。他就是机动奥特曼。他曾在执行任务时与科学考察队员早田进建立起联系，并在使命完成后离开了地球。时至今日，人类已进入了繁荣时代，但这只不过是和平的假象...现在，世界再次需要“光之巨人”的力量。就在这时，一个新的英雄出现了，他继承了光的基因。但是他并不高大，是一名中等身材、多愁善感的高中生，穿着金属动力制服。他的名字叫早田进次郎，是初代机动奥特曼早田进的儿子。早田进次郎克服种种困难成为新一代机动奥特曼，一个新的故事就此展开。
在从便利商店回家的路上，突然被异世界召唤的少年菜月昴。在无法依靠任何东西的异世界，无力的少年手唯一的力量……那是“死去然后重新开始”的力量。为了守护最重要的人们，为了取回确实存在着又无可替代的时间，少年抗拒着绝望，勇敢地面对着残酷的命运。（本次新编集版在第一季动画基础上追加新场景，以2话合并成1话的形式制作成单集时长1小时的特别篇）
童年一次目击UFO的神奇经历，就此改变了南波兄弟的一生。2026年，弟弟日日人（KENN 配音）实现梦想，将随同NASA的同行一同登上梦寐以求的月球。与此同时，才华横溢且在汽车设计领域小有名气的工学博士哥哥六太（平田广明 配音）却因冲撞上司而被开除，更遭到全行业的封杀。倔强高傲的六太在求职道路上四处碰壁，情绪渐渐跌入谷底。就在这个关键时刻，弟弟当年的录音唤醒了他对“一同能上月球”的约定的记忆，六太重整旗鼓，参加选拔集训，与弟弟朝着童年的月球前进…… 本片根据小山宙哉的同名原著改编，该片也于2012年被改编成真人电影版搬上银幕。
性格别扭且有些阴郁的青年叶月亮介（中村悠一 配音）喜欢上了附近花店“SHIMAO”的女主人六花（大原さやか 配音），但是他的爱慕之情却始终不敢说出口，只能一次次从六花那里买花，自怨自艾。这一天，机会终于来了，叶月去六花的店里应聘，距离虽然拉近，可是相谈仍是一件难事。更让他懊恼的是，某天他去拜访六花时，竟然发现屋里有一个只穿着内裤半裸的年轻男子，叶月顿觉自己的感情受到欺骗。未过多久，叶月意外得知，那名男子其实是六花3年前已经去世的丈夫岛尾笃（福山润 配音）。生前因多病而性格孤冷，去世后依旧记挂孤独而温柔的妻子，笃久久盘桓家中，不愿离开。亡灵岛津、未亡人六花以及青年叶月，一段奇妙的三角恋情在这个夏日悄悄上演…… 本片根据日本漫画家河内遥的同名原著改编。
