漩涡博人（三瓶由布子 Yuko Sanpei 配音）虽然是七代火影漩涡鸣人（竹内顺子 配音）的儿子，但是他并不以父亲为荣，父子间充满了误会。博人为了打败父亲，准备拜师宇智波佐助（杉山纪彰 配音），与此同时，博人与佐助的女儿佐良娜（菊池心 配音）、三月（木岛隆一 饰）组成了小队，共同参加下影的考试。下影考试开始，博人求胜心切，不料考试途中，神秘反派大筒木桃式、金式发动了突然袭击，鸣人为了保护木叶村陷入了危机。博人开始重新认识这个父亲，和佐助、我爱罗等父亲的老朋友开始了拯救鸣人的战斗。
神城麻郁是一个靠写程序打工赚钱，并且自己租下一间湖畔小屋独自生活的高一学生。这一天在上学途中，麻郁遇见了两位少女，一个是留着一头绿色长发，乖巧内向的小野寺桦恋；另一个则是有着红色短发，活泼外向的宫藤深衣奈。此时的麻郁并不知道，这两位少女将会为他的人生带来翻天覆地的转变……
能够给全世界与涅洛伊战斗的人们以及背井离乡的人们带来片刻安宁与治愈的独特航空团——那就是她们“联盟空军航空魔法音乐队光辉魔女”。 与在战斗中守护大家的统合战斗航空团魔女们完全相反的航空团，身为“不战斗的魔女”的她们，通过“歌与音乐”来守护大家的笑容！
故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。 在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。 然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。 在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。 而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动…… 迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是——— 所有的答案，都在「Link Vrains」中
