“这里……是哪儿……” 察觉到的时候，桐人不知为什么陷入了庞大的幻想风格虚拟世界。登录前的记忆模糊不清，只得在周围徘徊寻找线索。 之后，来到漆黑的巨树“基家斯西达”旁边的他，同一名少年相遇了。“我的名字是尤吉欧。请多关照，桐人君。”少年是在虚拟世界的居民――即“NPC”，但是却如同人类一样拥有“丰富感情”。 在和尤吉欧加深交往的同时，桐人也在摸索着登出这个世界的方法。在桐人的脑海中，某一个记忆苏醒了。那是幼年时的桐人和尤吉欧在山野奔跑的记忆――原本，不可能存在的记忆。而在那个回忆中，除了尤吉欧还有一个金发少女的身影。她的名字，是爱丽丝。绝对不应该忘记的、重要的名字。
都心から遠く離れ、色濃く残る自然に囲まれた集落──雛見沢村。 かつて、ダムの底に沈むはずだった村は、 今もなお昔と変わらない姿で、 転校生・前原圭一を迎え入れる。 都会で暮らしていた圭一にとって、 雛見沢の仲間と過ごす賑やかでのどかな生活は、 いつまでも続く幸せな時間のはずだった。 一年に一度行われる村の祭り、綿流し。 その日が来るまでは…。 昭和五十八年、六月。 ひぐらしのなく頃に。 日常は突如終わりを告げ、 止まらない惨劇の連鎖が始まる──。
