《东京食尸鬼第三季》混杂于群众之中，以人类的肉为食。拥有人类的形态，却与人类不同的存在……“喰种”。对“喰种”进行驱逐、研究的CCG，为了达成某个命题，而新设了实验体集团。 ——其名为“Quinx”。并非“正经人类”的他们，与佐佐木琲世一等搜查官一起在“东京”面对的事物究竟是——！？
染井吉乃は祖父である、関西最大の暴力団「桐ヶ谷組」直系「染井組」組長・染井蓮二が決めた縁談相手、 深山霧島の住む、関東最大の暴力団「砥草会」直系「深山一家」のもとで暮らすことになる。 吉乃を優しく迎え入れる霧島は、爽やかで人当たりのよい、ヤクザの家系を思わせない好青年。 慣れない土地に不安を抱えていた吉乃は胸をなでおろす。 ……しかし！！ ある事件をきっかけに、吉乃は霧島の本当の姿を目の当たりにすることになる。
女神祭――迷宮都市オラリオが活況に包まれる、実りの祝祭。 豊穣を象徴する女神たちは祭壇に奉られ、その中にはあの『美の女神』の姿も。 ダンジョン深層という死地から生還を果たし、日常を取り戻したベル・クラネルもまた、女神祭の賑わいを楽しむはずだった…… ――とある酒場の娘から一通の手紙が届くまでは。 『ベルさんへ 今度の女神祭、二人だけでデートしてください。 シルより』 都市の片隅、小さな酒場で固まった、少女のたったひとつの決意が、少年と迷宮都市を狂わせていく。 そして、『最強』を標榜する『強靭な勇士（ルビ：エインヘリヤル）』達が今、動き出す。 これは、少年が歩み、少女が望む――【眷族の物語（ファミリア・ミィス）】――
兵藤一诚（梶裕贵 饰）是学校里出了名的好色男，因此遭到了诸多女生的嫌恶，某日，一位名叫天野夕麻（生天目仁美 配音）的神秘美少女突然出在了一诚的面前，她不仅向一诚告了白，还提出了约会的请求。难道一诚的春天就要这样来临了？ 让一诚没有想到的是，在初次的约会之中，自己竟然被天野夕麻杀死了。原来，夕麻的真实身份是下级堕天使丽娜丽，她接受了教会的命令，专门前来刺杀一诚。就在一诚魂飞魄散之际，学园里的公认校花莉亚丝（日笠阳子 配音）出现在了他的面前，她使用恶魔棋子将一诚复活，并使其成为了自己的眷属。教会刺杀一诚的真实目的究竟是什么呢？一诚又将怎样面对死而复生的人生呢？
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。 其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优，他第一次没有产生“想吃”的想，并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。
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ネウロイの巣を破壊した戦いで魔法力を失った宮藤芳佳。501部隊が解散した後、彼女は故郷の扶桑へ戻り、久しぶりに平穏な日々を送っていたが、かつての上官だった坂本たちの計らいで欧州の医学校へ留学することになる。海軍兵学校で坂本の生徒だった服部静夏と一緒に再び欧州へ向かう宮藤。一方、かつての501部隊の隊員たちも各地に散り、それぞれの生活を送っていたが、宮藤の再渡欧や新たなネウロイの兆候をキッカケに、再び集まり始める。そんなとき、欧州を旅する宮藤と静夏の前に、強大なネウロイが出現、宮藤はかつてない最大の危機に陥ってしまう
