星元122年―― 这是众多企业扩展至宇宙，并构筑了巨大经济圈的时代。 从水星转学到阿斯提卡西亚高等专门学园的斯莱塔·墨丘利，作为米奥莉奈·伦布兰的新郎和高达公司的一员，过着充满邂逅和刺激的学园生活。 奎达工厂事件两周后，斯莱塔在学园里边满心期待着和米奥莉奈的再会边度日。 与此同时，米奥莉奈在贝纳里特集团本部照看着父亲。 向二人袭来的新的困难与迫近的决断。 少女们胸怀各自的感情，面对高达带来的强大诅咒。
结城梨斗（渡边明乃 配音）是一位平凡的高中生，暗恋着青梅竹马西连寺春菜（矢作纱友里 配音），然而，腼腆的梨斗决心将这份真挚地感情深深埋藏在心底，每日只是在角落里偷偷地凝望着自己的女神。 某日，一位名叫菈菈·萨塔琳·戴比路克（户松遥 配音）的外星女王突然从天而降，成为了梨斗的同居人，就这样，梨斗开始了和菈菈一起的没羞没臊地生活。金色暗影（福圆美里 配音）本是为了暗杀梨斗而来的宇宙第一杀手，却莫名其妙地留在了地球，为了让金色暗影重新返回杀手界，黑咲芽亚（井口裕香 配音）被派出来到了梨斗的身边，这一次，又会有怎样有趣的故事发生呢？
在三槌家的掌门人高上美夜子（堀江由衣 配音）过世以后，家族后继无人。由于长久以来，三槌家都侍奉着家族的守护神——狐仙大人，所以，当族中长老预测到各路妖怪将被美夜子的两个儿子高上升（水岛大宙 配音）和高上透（嶋村侑 配音）的法力吸引而来时，毫不犹豫的解除了曾经因为捣乱而被惩罚的狐仙的封印，天狐空幻（野上尤加奈 配音）保护三槌家的任务就此开始。 自从空和升相遇以来，怪事就没有停止过。空活泼调皮的性格没少给升惹麻烦，但在紧要的危急时刻，也是空将升从水生火热中解救出来。一来二去，两人之间产生了难得的信任和感情。此外，和三槌家本毫无瓜葛的守护女红（早见沙织 配音）也加入到了守护高上两兄弟的队伍中来，不断的吸引着妖怪的兄弟两会面临着怎样的命运呢？
银河鲸鱼并非像传闻中那样是无意识的植物生命体，它们有着人类无法理解的高智慧。 特别是其中一条最大的白鲸，它永远在伫列中保护同伴。 鲸鱼每年回游是来为同伴送葬，他们中活满七千岁的要降落在“鲸鱼的坟场”化为无机能量。 而白鲸则是同伴的守护使者，它违背了七千岁的规律已经活了几百万年之久...... 在银河边缘的 67 惑星域，有一颗小小的卓拉星。 每年固定的时间，“银河鲸鱼”就成群地向这里回游，成为这里一个着名的景观。 所谓“鲸鱼”并不是指那些海洋中的哺乳类，“银河鲸鱼”是一种类似大型真菌的植物体。 在它们的身体里充斥着大量的能量体，是上佳的宇宙船燃料。 也因此它们成为偷猎者竞相追逐的目标。 在卓拉星的鲸鱼回游季节里每年都会有大批的偷猎者赶来，为了利益，他们不惜与当地宇宙防卫队战斗。 他们驾驶着老旧的变形战机（多是 VF-1）冲向鲸群。 就在这样一个多事的季节里，手拿吉它的问题少年来到了卓拉，他就是“火焰乐队”的巴萨拉......
「在逐渐沉没的世界，我找到了你。」 在近未来，不明原因的海平面上升导致大面积地表被海水淹没。 幼时因意外事故失去了一条腿的少年斑鸠夏生厌倦了城市生活，迁居到了海边的乡村小镇。 他无亲无故，留给他的只有曾属于海洋地质学家的祖母的船和潜水艇，以及债款。 夏生为了取回自己“失去的未来”，潜入大海寻找据说沉睡着祖母遗产的海底仓库。 他在那里找到的，是沉睡在棺材状装置中的神秘少女——亚托莉。 她是几乎与人类无异的，精巧且感情丰富的机器人。 从海底被打捞上来的亚托莉说道。 「我想完成主人留下的最后一道命令。在那之前，我来做夏生的脚！」 在逐渐沉入海中的安宁小镇，少年与机器人少女难以忘怀的夏天开始了——
真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
とある魔術の禁書目録たん Blu-ray&DVD初回予約特典ディスクに収録のおまけアニメ。 原作の出版社やアニメの制作会社が同じことから『しゃくがんのシャナたん』同様、ちびキャラ化したインデックスことインデックスたんをはじめ、各登場キャラクターたちが繰り広げる公式パロディ作品である。基本的には本編のパロディだが、『しゃくがんのシャナたん』のものまね（「とある魔術の座談会2」にて、ものまねについての言及がある）や出演声優に関するネタ、さらには出演声優による地の会話などが加えられている。この他、テレビアニメのプロモーションでコラボレーションを行った『とらドラ!』や『俺の妹がこんなに可愛いわけがない』、制作会社繋がりの『探偵オペラ ミルキィホームズ』やネット上でネタになっていた二期OPや、さらには『侵略!イカ娘』『リングにかけろ』などのパロディや外伝作品『とある科学の超電磁砲』の宣伝などもネタにしている。なお、インデックスたんは後に『しゃくがんのシャナたん』への出演も果たしている。『とある魔術の禁書目録たん3』ではシャナたんと同じ声優繋がりであるアニェーゼもちびキャラ化しており、更に作中シャナたんを髣髴とさせる発言を行っている。
