宇宙世纪0068年，居住在SIDE3的慕佐自治共和国议长发表完《完全独立宣言》后意外身亡，由此引发了连番的动乱，许多人的命运也就此发生根本转变。转眼来到宇宙世纪0074年，爱德华·玛斯（池田秀一 配音）以夏亚·阿兹纳布的身份进入吉恩自治共和国国防军官学校学习。在那里，他与来自SIDE3的名门子弟格尔玛（柿原彻也 饰）互相赏识，成为模拟好友。 宇宙世纪0077年，学生们揭竿而起，发起了针对地球联邦军的武装起义。对夏亚来说，他的复仇也由此拉开序幕……
【内容介绍】 0088年6月6日，新吉恩军向地球空降先遣部队，经两个月时间的活动，于8月1日正式开始对地球进攻。8月29日，新吉恩占领达卡尔，并将大量旧公国军及提坦斯残党收编。此后一发不可收拾，10月31日，新吉恩实施卫星坠落战术，终于迫使联邦于11月24日同意将殖民卫星群SIDE3让给新吉恩，以此作为吉恩从地球撤兵的条件。然而，哈曼的文治武略无法令所有追随者认同。新吉恩旗下的年轻军官格雷米，在独自振兴吉恩信念驱使下于圣诞节反叛哈曼，率部从阿克西斯独立出来。在这一系列重大变动造成的复杂局面中，代表联邦而战的军事组织奥古，在以布莱德为首的领导层指挥下，持续着艰苦卓绝的斗争。成为这一时期奥古主力的战士，是以名叫捷多·亚西塔的少年为首的一群来自殖民卫星的孩子，而捷多的座机，正是当年阿纳海姆社以卡繆为中心所进行开发的Z计划最后的作品枣可变型机动战士MSZ-010高达ZZ，捷多的恋人露·鲁卡则搭乘Z高达，其余同伴亦分别乘坐高达MK Ⅱ等机种。 与阿姆罗、卡繆一样，捷多也是一样强大的NEW TYPE，然而似乎也正因如此，同样难逃悲剧性事件的围绕：在战场上接触到的新吉恩NEW TYPE少女璞露，以及璞露的克隆体璞露2（读作璞露茨），与捷多产生共鸣并消除敌意，但却又随之先后为保护捷多而丧生…… 在露的鼓励下，捷多终于从沮丧中摆脱出来，同时，露亦创下击毙新吉恩叛军首领格雷米的战绩。终于，在0089年1月17日，以奥古为核心的联邦军，向阿克西斯发动了最后的进攻。战斗如火如荼地展开了，为各自所相信的理想、信念而争个不休，同时进行着对决的捷多与哈曼，在一轮恶斗后，以哈曼·卡恩之死迎来了这场动乱的结束。随着和平的曙光再次降临，捷多与露一起踏上了前往木星的旅途。对他们而言，出生入死的人生经历已经结束，新的生活正在前方招手。然而对于宇宙间多数平民百姓，真正的和平什么时候才能到来呢？
根据去年播出的「时间飞船24」世界观改编，以三恶人为主人公的时间飞船系列作品。三恶人是指本作中的坏蛋三人组，平常的掩饰身份为世界最大的教科书出版社“历史天国社”第14仓库课的成员，分别是毕玛乔（喜多村英梨）、兹夫亚基（平田广明）和铃木（三宅健太）。
