本作第1话的主要角色是爱佳，故事由她和贵明在图书室整理书库说起。两人为了克服彼此的异性恐惧而互相呼叫对方的名字，而结果是喜忧参半，此时，麻烦男雄二目睹了两人的暧昧行为，由此故事掀起了波澜……
古希腊，一群勇敢的战士们守护在战争女神雅典娜身边，与邪恶做斗争，他们被称作"圣斗士"。现代，一群以星矢为首的青铜战士们再次来到雅典娜的化身纱织小姐身边，与邪恶势力进行着顽强的斗争；为了维护世界的和平，他们分别击败了野心勃勃的教皇、海神波塞冬和冥府的哈迪斯……
召集了各个分野上的超一流的高中生，为培育他们成长而设立的政府公认特权学园「私立希望之峰学园」。在这个学园，存在着云集了超高校级的才能的"本科"，与只要支付了高额学费就谁都能够入学的"预备学科"两个学科。 不仅仅是才能，连性格也充满了个性的第77期本科生。他们不只是固执于他们的才能，而是学习到了『对于人生来说重要的不是才能，是在与人之间的交流中研磨人格与创造回忆』，各自像普通的高中生一样讴歌着学园生活。
在白天，羽丘芽美（樱井智 配音）是就读于圣波利亚学院二年级的普通女生，可是一到夜晚，她就会变身成为行侠仗义的怪盗圣少女，在好友深森圣良（井上喜久子 配音）的帮助下展开劫富济贫的行动。芽美最大的对手不是别人，正是同班同学，自称为名侦探的飞鸟二世（冈野浩介 配音）。飞鸟强烈的正义感让他下定决心，誓要揭开圣少女的真正面目，父亲刑警的职业也为飞鸟的抓捕行动提供了便利，虽然屡屡经历失败，但飞鸟并没有因此而气馁。 其实，飞鸟一直占据着亚美作为普通少女的内心，但碍于身份无法向他表达，游走在双重身份之间也让亚美经历了一些特殊的惊险时刻。一个不断追捕，一个不断逃避，最终这本性善良的两人竟会迎来怎样的结局呢？
