2069年，超智能电脑利用合成体僵傀控制世界，遭到人类的抵抗，为了统治世界并管理人类，超智能电脑派遣无间妖与众僵傀回到2016年，收集人类的精神信息码，提供给超智能电脑。被夺走精神信息码的人，变得毫无情感，如行尸走肉一般，人类社会惨遭涂炭。受害者苏筱筱失去记忆，流浪在城市中。充满热情、相信只要通过努力定会成功的信一，决心帮助苏筱筱找回记忆。寻找记忆过程中，他们不断受到僵傀的袭击。信一得到捕将铠甲系统，在好友志凯等人的帮助下，信一合体为捕将铠甲，痛击僵傀。在危急时刻，又出现神秘的捕将铠甲帮助信一。线索显示，原来僵傀和霸王集团有着千丝万缕的关系，苏筱筱的身世也指向霸王集团。信一面对诸多邪恶力量，一直坚持正义的信念，燃烧不尽的热情，最终消灭了整个邪恶势力，破解了重大的阴谋
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
