「黑塔利亚」以世界历史为主轴，把将多个国家以及该国的文化以及风土民情拟人化，主要以喜剧的四格及短篇为主。从前三季中我们不难发现，这部作品几乎已经涵盖了地球上大部分的国家了，目前这个国家的数量还在持续增加中。第四季又追加了两位新伙伴——挪威和丹麦这两位同样来自北欧的朋友，而他们的声优分别是岩崎征实和下崎纮史。
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
